Le jour même du 11 septembre, le FBI, « qui avait étudié les manifestes des passagers des quatre avions, avait déjà focalisé son attention sur [Amer] Kamfar » comme un pirate suspecté. Le 12 septembre à 8h30 du matin, huit agents du FBI rendirent visite au voisin supposé de Kamfar, Henry Habora à Vero Beach en Floride. Ils lui montrèrent une photo et lui demandèrent s’il s’agissait bien de la même personne [29]. Bien qu’apparemment glané sur un manifeste de passagers, le nom d’Amer Kamfar disparut ensuite des listes des pirates supposés et fut remplacé par un autre.
Le Washington Post révéla que les premières listes de passagers n’incluaient pas le nom d’Hani Hanjour, devenu plus tard celui d’un des pirates présumés. Dans sa dernière édition du 16 septembre 2001, le journal explique que son nom « n’était pas sur le manifeste du vol American Airlines 77 parce qu’il n’aurait pas eu de billet » [30]. Le nom d’Hanjour apparaît sur ce qui est censé être une liste des passagers du vol AA77 rendue publique plus tard lors du procès Moussaoui, ce qui donne à penser que la liste publiée tardivement n’était pas une copie de la liste originale mais une liste qui a été trafiquée.
Le 12 septembre 2001, plusieurs journaux publièrent des listes partielles de passagers des vols détruits. On y trouvait, parmi les passagers du vol AA11, le nom de Jude Larsson, 31 ans, et celui de sa femme Natalie [31]. Pourtant, le 18 septembre 2001, le Honolulu Star Bulletin annonça avoir reçu un email de Jude, visiblement en vie, pour faire part au journal de l’erreur qui circulait sur son compte [32]. Selon le journal, « quelqu’un qui prétendait travailler avec les compagnies aériennes » avait appelé le père de Jude, un « sculpteur réputé » dans sa communauté, pour l’informer que son fils et que sa belle-fille faisaient partie des victimes du vol AA11. Plus tard, les noms de Jude et de Natalie Larson allaient disparaître des listes publiées. Plus bizarre encore, bien que leurs noms aient officiellement disparu de la liste des victimes du vol AA11, Jude et Natalie Larson sont toujours considérés comme morts dans les Archives Nécrologiques Nationales [33]. Selon ce qui est écrit sur le site de ces Archives, la liste « est basée sur des sources autorisées, des informations d’Associated Press et des données funéraires ». Selon Jere Longman, journaliste au New York Times, les autorités US et United Airlines annoncèrent d’abord que le vol UA93 avait eu à son bord 45 personnes avant de ramener le nombre à 44, mettant en avant le fait qu’un des passagers en classe économique – Marion Britton – avait acheté deux billets [34]. Aucun élément ne fut rendu public pour corroborer cette explication.
Selon Terry Tyksinski, un membre d’équipage d’United Airlines depuis longtemps, un responsable au service clientèle lui avait dit avoir vu deux passagers quitter le vol 93 après qu’il fût annoncé que l’avion quitterait la porte avec un retard de cinq minutes. Les deux passagers de première classe étaient décrits comme ayant la peau sombre, « quasiment noire, mais pas noire ». Selon Tyksinski, le responsable prit note de leurs noms et fut ensuite questionné à deux reprises par le FBI [35]. Nulle autre source ne mentionne cet incident, y compris le rapport de la Commission sur le 11/9. Etant donné que ces personnes se sont sans doute présentées pour l’enregistrement de leurs bagages munies d’un billet, leurs noms auraient dû avoir été enregistrés sur la liste originale des passagers du vol 93. Ces noms furent-ils enlevés et une nouvelle liste fut-elle dressée ?
Les fluctuations mentionnées ci-dessus quant au nombre et aux noms des pirates présumés (et des passagers) n’auraient pas pu exister si ces déclarations s’étaient appuyées sur des documents authentiques.
En 2006, un ensemble de sept pages faxées, censé représenter les originaux des manifestes de vol furent publiées sur un site internet privé [36]. Les images sont de très mauvaise qualité et ne semblent pas être de véritables copies des originaux des listes de passagers (ou des manifestes de vol), pour au moins trois raisons qui sont : 1) les images que l’on voit reflètent un amalgame de différentes feuilles ; (2) rien n’indique que les listes aient été imprimées juste après l’embarquement dans les avions, comme cela se fait normalement (celles correspondant aux vols UA93 et UA175 furent imprimées le 4 octobre 2002 !) ; 3) les listes ne comportent pas la moindre signature de la part d’un responsable qui en attesterait l’authenticité. En réponse à une requête FOIA [en application de la Loi sur la liberté d’information, NdT] de l’auteur de ce texte afin que soient publiés les originaux des listes de passagers, le FBI écrivit le 4 avril 2007 que les listes demandées pour les vols AA11, AA77, UA93 et UA175 étaient « disponibles via internet sur le site du ministère de la Justice des USA » [37].